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Definitions for sequence

Type Member of File Line
structure name /tools/seg.h 105

1 declarations in 1 files.

References to sequence

File Line
/algo/blast/api/blast_api.c 548 555
/algo/blast/api/blast_seq.c 812
/algo/blast/api/blast_tabular.c 500 506
/algo/blast/api/dust_filter.c 94 107 166
/algo/blast/api/seqsrc_multiseq.c 255 257
/algo/blast/api/seqsrc_readdb.c 207
/algo/blast/composition_adjustment/composition_adjustment.c 1164 1176 1176 1177
/algo/blast/composition_adjustment/composition_adjustment.h 74
/algo/blast/composition_adjustment/redo_alignment.h 214
/algo/blast/core/aa_ungapped.c 843 844 900 901 949 997 1035 1036 1101 1102
/algo/blast/core/blast_aalookup.c 463 1173
/algo/blast/core/blast_aascan.c 76 77 110 121 126 162 163 196 207 212 265 266 332 403 409 451 457 457 484
/algo/blast/core/blast_aascan.h 72
/algo/blast/core/blast_def.h 243
/algo/blast/core/blast_engine.c 125 148 150 150 203 205 205 214 243 243 456 743 760 769 772 811
/algo/blast/core/blast_filter.c 1123 1156 1163 1209 1338 1338 1343 1344 1399
/algo/blast/core/blast_filter.h 224
/algo/blast/core/blast_gapalign.c 2421 2426 2426 2957 2958 3936 3937 4019 4019 4240 4246 4252 4253
/algo/blast/core/blast_hits.c 1200 2683 2696
/algo/blast/core/blast_kappa.c 503 506 519 1608 1609 2218 2224 3245
/algo/blast/core/blast_lookup.c 105 267
/algo/blast/core/blast_nalookup.c 1114 1124 1130 1138 1138 1435 1437 1605 1615 1622 1627 1633 1633
/algo/blast/core/blast_nascan.c 111 165 364 445 564 646 726 807 864 945 1003 1090 1172 1231 1489 1650 1726 1779 1856 1909 1988 2065 2130 2208 2296 2388 2501 2860
/algo/blast/core/blast_query_info.c 378 378
/algo/blast/core/blast_seg.c 2281 2303
/algo/blast/core/blast_seg.h 82
/algo/blast/core/blast_setup.c 514
/algo/blast/core/blast_stat.c 4577 4588 4589
/algo/blast/core/blast_stat.h 864
/algo/blast/core/blast_sw.c 697 699 706 708
/algo/blast/core/blast_traceback.c 332 342 386 651 770 772 1217
/algo/blast/core/blast_util.c 116 119 124 148 156 157 157 168 175 175 226 465 807 829 832 966
/algo/blast/core/blast_util.h 118 130 222
/algo/blast/core/hspfilter_collector.c 296
/algo/blast/core/hspfilter_mapper.c 1313 1417 1425 1432 1442 1442 1444 1558 1563 3538 4088 4162
/algo/blast/core/jumper.c 3172 3179 3182 3202 3236 3242 3245 3321 3322 3343 3344 3371 3375 3399 3413 3444 3450 3453 3488 3571 3587 3665 3743 3759 3843 3847 3848 3848 3849 3849 3851 3878 3886 3887 3892 3892 3893 3893 3894 3901 3901 3902 3908 3914 3920 3929 3938 3948 3960 3964 3972 4309 4343 4358 4437 4488 4498 4499 4537 4548 4558
/algo/blast/core/jumper.h 303
/algo/blast/core/na_ungapped.c 163 167 206 218 268 269 465 1103 1104 1125 1126 1247 1248 1272 1273 1398 1502 2233 2242 2285 2290
/algo/blast/core/pattern.c 572 577 577 579
/algo/blast/core/phi_gapalign.c 688 689
/algo/blast/core/phi_lookup.c 742
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/api/aliread.h 23 89 97
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/object/objinsdseq.h 87
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1040 references in 113 files.